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中国科学技术大学医院眼科门诊部是我国重要的眼病防治机构，历史悠久，成立于上世纪80年代，经过三十多年的发展，已成为中国科技大学医院的重点和特色科室。
眼科门诊部由准分子激光中心、斜弱视及青少年近视专科门诊和白内障青光眼等疑难病专家门诊三部分组成，配备有德国蔡司手术显微镜、眼前、后节OCT、Pentacam等设备，综合实力已达到国内水平。
准分子激光中心是眼科门诊的一个重要部门，近年来随着激光手术技术的发展而崛起。该中心与国际接轨，引入先进的技术设施进行检查和治疗。目前拥有德国蔡司公司前节OCT、波前相差测量仪和德国蔡司公司ATLAS9000+Visante OCT1000眼前节综合分析系统等先进检查设备。此外，还拥有全飞秒激光技术等国际先进的准分子激光系统和多种不同类别智能化微型角膜板层刀，能够根据患者的状况设计并实施不同的手术方式。
斜弱视及青少年近视专科门诊是眼科的传统门诊科目，三十余年来已治疗斜弱视患者十万余例，并在斜视及小儿眼科和青少年近视预防等方面取得多项科研成果。斜弱视门诊配备有视觉电生理检查室、视功能检查室及斜视弱视训练室等配套设施，坐诊医师具有近二十年的专科门诊经历，临床经验十分丰富。
疑难眼病专家门诊是眼科门诊的一个综合性科室，主要开展青光眼、白内障、黄斑变性、视网膜脱离等疑难眼病的诊治。在眼科病房，还可进行超声乳化白内障手术、前房型人工晶体植入手术、视网膜脱离手术、眼外伤手术、青光眼手术、斜视手术等各种手术。
眼科门诊还配备有视野仪、眼用AB超检查、同视机等多项检查设备，能够提供专业的检查服务。中国科学技术大学医院眼科宗旨是应用先进的设备和科学技术，全科同志齐心协力，为众多的眼病患者解除痛苦。
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